Dykningen i Malaysia är i världsklass. Vattentemperaturen ligger strax under 30 grader i genomsnitt och förutsättningar för ett rikt marint djurliv är i det närmaste idealiska. Malaysia är en året runt destination men regnperioden mellan juni och september kan inverka negativt på dykförhållandena. Den bästa dykningen i Malaysia finns i den del av landet som är beläget på norra Borneo.
Dykning utanför ön Layang Layang i Malaysiska Borneo
Det är framför allt ön Sipadan i den malaysiska Sabahprovinsen på nordöstra Borneo som gjort Malaysia känt för sin dykning. För att skydda ekosystemet på Sipadan togs alla dykcenter och hotell bort 2004, men ön är ändå lättillgänglig från någon av de omgivande öarna. Det unika med Sipadan är den biologiska mångfalden: öns ekosystem omfattar över 3000 marina arter. Sköldpaddor, revhajar, djävulsrockor, bläckfiskar och enorma stim av till exempel barracuda ser man vid så gott som varje dyk. Under Sipadan finns ett speciellt grottsystem som kallas Sköldpaddskyrkogården eftersom sköldpaddorna simmar vilse i gångarna och sedan drunknar.
I närheten av Sipadan ligger öarna Kapulai och Mabul. Detta området har också fantastiska rev och sandrevlar. Öarna är dessutom kända för sin lugna atmosfär och spektakulära färguppvisningar då solen går upp eller ner.
Strax utanför det malaysiska fastlandet ligger paradisön Tenggol. Det finns rev runtom ön men framför allt kan man göra dyk där man driver med strömmen bland stora fiskstim. Örnrockan är en art som lockar många dykare till Tenggol.
Utanför Malaysias västkust finns öarna Pulau Payar och Langkawi. Detta område är känt för sina korallrev, ofta kallade trädgårdar.