Indonesien erbjuder världens största skärgård (ca 80 000 kilometer kust och mer än 17 000 öar) och uppemot 20 % av jordens korallrev. Landets vatten anses höra till de mest varierade i världen. Trots detta är det få som upptäckt Indonesien som dykresmål.
Man räknar med att Indonesien har mellan 3 000 och 4 000 sorters fisk och det är närmare 25 % av världens fiskarter. Dessutom har Indonesien omkring 600 arter av koraller. Undervattenslandskapet är oerhört varierat med rev, branta väggar, djupa undervattensklyftor och vrak från andra världskriget. Några exempel på kända dykplatser i Indonesien är Bandaöarna, Komodo, Raja Ampat, Sulawesi, Bali, Manado och Lembehsundet.
Bandaöarna i östra Indonesien har blivit kända som en av världens främsta dykdestinationer på grund av den stora variationen som finns här. Fiskar av alla slag finns att beskåda och reven i området är kända för sitt myllrande djurliv. Ambonområdet är särskilt känt för sin stora mängd exotiska revfiskar.
Norr om Banda finns Raja Ampat dit forskare vallfärdar för att upptäcka nya arter av fisk och koraller. Reven här är extremt färgsprakande. Många fiskarter som är mycket ovanliga på andra platser finns i överflöd på Raja Ampat.
Manado och Lembehsundet på nordöstra Sulawesi uppvisar en enorm artrikedom. Lembehsundet anses vara bland världens främsta dykplatser för den som letar efter småskaligt marint liv. Många arter går att finna på öppna bottenytor med svart vulkanisk sand. Kungkunganbukten i Lembeh är särskilt känd och här finns det även tre vrak från andra världskriget som har blivit övervuxna och utvecklats till livfulla rev.